用清水过滤：用过的蛋白棉可以重复利用，好比空气用甲醛包，定期拿到阳光下晒，就可重复使用；蛋白质里的杂质比较多，使用后最好先放在清水中浸泡、洗一下，去除一些黄水和大杂质。
用高浓度盐水浸泡：蛋白棉初步清洗后，将蛋白棉放于清水中，多加些盐浸泡；随着浸泡水会变黄，而蛋白棉本身会逐渐恢复白色。
用清水再次过滤：蛋白棉的黄色水被浸泡出来，还要放于自来水龙头后，用清水继续清洗、揉搓一下，直至完全变白、变干净。
放于阳光下暴晒：蛋白棉最好多买几盒，轮流替换使用，用过的蛋白棉经清洗后，若暂时不用，可放在阳光下暴晒，直至完全干透，防止发霉，准备下一次使用。在暴晒过程中，要定期翻动，让其彻底晒干。
用无水酒精浸泡：浸泡蛋白棉也可以用无水酒精浸泡，大概浸泡四个小时，黄水便可出来了；浸泡后，照样用清水洗净、晾干、晒干，待用。
检查网兜有无破损：在浸泡清洗过程中，网兜可能会破损，所以需要注意检查，在再次放进鱼缸里时，要确保没有破损，否则鱼儿吃进蛋白棉，会引起消化不良，甚至死亡。