1、轻施底肥，重施追肥。秋冬茬和冬春茬番茄是冬暖式塑料大棚重要的茬口。成熟的大棚，由于多年的有机肥和化肥的投入，土壤已经很肥沃，因此底肥要轻。经验数据表明，8年左右的棚，建议秋冬茬番茄底肥用高钾复合肥25公斤/亩左右。棚龄越短，则相应的底肥用量越高，高限75公斤/亩。如果秋冬茬的定植时间在9月份，苗期温度适宜，长得壮，底肥可少用或不用有机肥。有机肥让给了定植期在冬季冬春茬，能起到提地温、保丰产的作用。根据果穗数确定追肥量，应向追肥要产量。若共留6穗果，可分别在第1、3、5穗果膨大时追肥3次；若共留4穗果，在第1、3穗果膨大时追肥2次；栽果量大时，可适当增加追肥一次。追肥以硫酸钾型复肥为主，配方以高氮低磷高钾为佳，用量20-30公斤/亩/次。地温低时，配合黄腐酸等有机质更好，以缓冲纯化学肥料对地温和根系的影响。
2、适时补充中微量肥。在中微量元素中，番茄对钙镁硼锌铁的需求较多。补充这些元素要从底施、追施和叶面喷肥三个方面进行。底施补充可选优力硼锌、硅钙镁、钙镁磷、瑞绿铁肥等。追施随复合肥补充一次即行，可选汽巴硼锌、优力硼锌、硝酸铵钙等。叶面喷施补充2-3次，可选康朴钙镁硼、悬浮锌、液钙、绿得快等。用量参照说明书，用多了无益。另外，为有效防止土传病害，可用康地蕾得或益微菌剂（二者成份都是牙孢杆菌）调理土壤，或拌细土撒在种植穴中，每亩1公斤左右。