1、科属不同。三文鱼是动物界、脊索动物门、脊椎动物亚门、辐鳍鱼纲、鲑形目、鲑科、鲑属与鳟属溯河洄游性鱼类。大马哈鱼则是硬骨鱼纲、辐鳍亚纲、鲑形目、鲑科、太平洋鲑属冷水性溯河产卵洄游鱼类。可见三文鱼与大马哈鱼同属鲑科，只是三文鱼是鳟属，而大马哈鱼是大马哈属，我们吃的生鱼片一般是鲑形目鲑科鲑属的大西洋鲑，产卵后不会死掉，可多次交配繁殖；大马哈鱼是一个鲑科的一个属，又称太平洋鲑，有很多种，不同于大西洋鲑的是，大马哈鱼在河川产卵后就会死掉。
2、分布不同。三文鱼主要分布在亚洲、欧洲和美洲的北部地区以及太平洋北部，主要种类有挪威三文鱼、美国三文鱼等。大马哈鱼主要分布在太平洋北部和北冰洋中，主要种类有银大马哈鱼、驼背大马哈鱼、孟苏大马哈鱼等。
3、形态不同。三文鱼的齿尖锐，鳞片细小，呈银灰色，体型侧扁，背部隆起，肉色为粉红色并具有弹性，肉质紧密鲜美，刺还少，极为可口。大马哈鱼的头侧扁，吻端突出微弯，口裂大，形似鸟喙，一般体长60厘米左右，略似纺锤形，背鳍起点是身体最高点，鳞片细小，作覆瓦状排列，尾鳍呈深叉形。