1、海水保存。新鲜的海胆可以放到海水中保存，特别是那些刚刚从海水中捕捞上的海胆，如果直接把它放到空气下，它四五个小时以后就会变质，为了延长它的保质期，可以直接取适量的海水放到容器中，然后把捕捞的新鲜海胆直接放到海水中，这样能让海胆保存三天左右不变质，但超过三天以后它的营养成分就会大量流失。
2、加工后保存。新鲜的海胆生命力特别弱，而且对保存条件比较苛刻，如果把它保存到自然环境中，它很快就会发生变质，所以新鲜海胆在捕捞以后，如果不及时食用，最好把它加工以后再保存，可以把它加工成盐水海胆，冰冻海胆，还可以把它制成海胆酱长期保存，这样都能让海胆保存较长时间，只是再食用时口感没有刚刚捕挥的海胆那么新鲜。